Произошло:
Отгремел Ультматум, Земля все еще старается прийти в себя после такого потрясения. Хорошие парни победили, но цена оказалась слишком велика: во время Волны погибли многие супергерои. В их числе: Сорвиголова, Доктор Стрэндж, Хэнк Пим, Оса, а так же большинство Людей Икс, включая Чарльза Хавьера и Росомаху. Но помимо сверх-людей, жертвами Ультиматума стали и простые люди и граждане Нью-Йорка. Это заставило властей открыть полноценную охоту на мутантов. Никаких запретов, никаких правил.
Оставшимся в живых мутантам приходится скрываться. Похоронив своих товарищей рядом с особняком, Люди Икс распались. Джин Грей начала новую жизнь под именем "Карен Грант"; Бобби Дрейк переезжает жить к Питеру Паркеру, Роуг пропадает; Китти Прайд становится виджиланте и помогает Человеку-Пауку под новым псевдонимом "Шрауд". Вскоре, она основывает новую команду Людей Икс, в которую вошли Джимми Хадсон, сын Росомахи, Лиз Аллан, дочь Пузыря, взявшую прозвище "Огненная Звезда" и Дерек Морган. Вместе они противостоят новому Братству Мутантов, возглавляемое Ртутью, и состоящее из Мистики, Саблезуба и Тедди Аллана, сына Пузыря.
Кто-то устраивает серию атак на нескольких гениальных ученых и "черных инсайдеров", первой жертвой которых становится Рид Ричардс со своей семьей. Затем нападению подвергается Ник Фьюри. А тем временем, из здания корпорации "Роксон" вырывается субстанция, ставшая причиной конфликта между измерениями. На место происшествия пребывает Джессика Дрю и спасает нескольких ученых. Бен Гримм возвращается со службы в ВВС и, прибыв в Бакстер Билдинг, вместе со Сью тут же подвергается атаке этой самой субстанции. На место битвы прилетает Джонни и они втроем противостоят Ктулхуобразному противнику. Отбив атаку, они узнают, что их врагами являются пришельцы из другого измерения. Следующей их целью был дом Питера Паркера. Айсмен защищает тетю Мэй, пока не прибывают Питер и члены бывшей Фантастической Четверки. Вместе они побеждают пришельца, и его забирают прибывший отряд Ника Фьюри "Анти-Халк". Бен Гримм начинает странно светиться фиолетовым. В одном из убежищ Ника Фьюри его допрашивают агенты S.H.I.E.L.D., в ходе чего пришелец превращается в субстанцию и разрушает здание. Нику, Кэрол, Хоукаю и всему отряду "Анти-Халк" удается вовремя эвакуироваться. В Бакстере Гримм изменяется, трансформировавшись в свой человеческий облик, но по-прежнему светясь фиолетовым светом. Спустя некоторое время на базу сверхсекретного проекта "Пегас", являющимся по сути хранилищем самых могущественных и неиследованных предметов в мире, направляют Филипа Лоусона. Лоусон - представитель инопланетной расы Кри, и его настоящее имя - Джехенерис ХалаСон Мар Вел, но Ник Фьюри назвал его Капитан Марвел. На базе его встречают командир проекта Венделл Вон и несколько членов секьюрити. В это время в Бакстер Билдинг Сью приходит в себя и видит абсолютно здорового Бена, получившего новые способности. На базу "Пегаса" кто-то вторгается. Этим кем-то оказался Рик Джонс, избранник Наблюдателей. Таинственный мастермайнд взламывает генетический код Марвела и тот превращается в машину для убийств, напав на охрану проекта. А Джессика, решив провести собственное расследование, устраивается на работу в "Роксон" под именем Джулии Карпентер. Рик Джонс телепортирует себя и Джехенериса в Бакстер Билдинг, в котором находятся некоторые выжившие цели нападении, а именно: Ник Фьюри, Человек-Факел, Невидимая Женщина и Бен Гримм. Бенджамин вступает с ним в бой. Объединенными усилиями его удается утихомирить, а испугавшийся Джонс в этот раз телепортируется вместе со Сью на базу проекта "Пегас", откуда кто-то утаскивает все добро. Женщину-Паука знакомят с остальной "мозговой командой" корпорации, состоящую из: Арнима Золы III, доктора Лайлы Миллер, Мисти Найт, Натаниэля Эссекса и Самуэля Стернса. Эта команда должна понять, что произошло в "Роксон". В скором времени Джессика понимает, что все это подстроено и мозговая команда нападает на нее. Против доктора Стернса у нее не было шансов и ее захватывают. А главным врагом всех оказался... Рид Ричардс. Он подстроил свою смерть, и его целью является улучшение этого неправильного мира. Он обнаруживает Сью и она пытается его убить, но Рид остается жив и начинает ее избивать. Когда до конца жизни невидимки остается, казалось бы, совсем немного, между ними встает Рик и спасает Шторм, телепортируясь с ней... куда-то. Ник Фьюри, Кэрол Дэнверс, Гримм и Шторм же решают допросить захваченного Марвела, но Джонни выходит из-под контроля и готовиться сжечь пришельца заживо. Его останавливает только ввалившаяся в комнату раненная Сью. Она сообщает им, что их виной всему Рид Ричардс. После этого она впадает в кому, что вызывает у всех присутствующих отчаяние, но скоро выходит из нее и сразу же берется за дело. А причиной проблем Женщины-Паука, как выяснилось, является Отто Октавиус. Он уже собирается использовать молодую девушку в качестве лабораторной лягушки, но тут вваливается Человек-Паук, раздает всем люлей, забирает с собой Джесс и сваливает. Вместе они наблюдают, как здание корпорации "Роксон" полностью разрушается из-за изобретения Ричардса. В Трискелионе же, когда команда Сьюзан уже близка к разгадке чего-бы-то-ни-было, но и на них нападает та самая всеразрушающая субстанция, и они спасаются только благодаря Джонсу (айда маладца). Потом они все вместе телепортируются на базу проекта "Пегас" и там встречают Вона, который сообщает им, что под базой имеется лаборатория S.H.I.E.L.D., о которой не знали ни Фьюри, ни Дэнверс. Там Сьюзан проводит исследования, но выясняется, что ей нужны образцы той самой НЕХ, поэтому она посылает Рика вместе с Джонни в здание "Роксон". Там они встречают Паука и Паучиху, спасающих из-под завалов Октавиуса. Тем вренем Ричардс продолжает свои эксперименты в 77 Квадрате Негативной Зоны. Туда вторгается Бен Гримм, они обстоятельно разговаривают на тему морали и того, каким же ублюдком стал Рид, что убил всю свою семью. Потом появляются супергерои и начинается масштабное месиво, в ходе которого Джонни Шторм ставит Риду ожог как месть за то, что он так обошелся с его сестрой. В общем, хорошие парни победили, отправили Ричардса в куда-то далеко, Ник Фьюри сбежал, а Бен и Сью решили пожениться.
Спустя некоторое время Ник Фьюри по приказу Кэрол Дэнверс - директора S.H.I.E.L.D. - заново открывает проект "Мстители" - теневой спецназ S.H.I.E.L.D., созданный для устранения целей, само существования которых может поставить репутацию Правительства США под угрозу. Спонсируемый своим старым другом, и, по совместительству, старшим брата Тони Старка, Григории, Ник начинает вербовку. В Мстителей входят: Хоукай, Воитель, Моника Чанг, Нерд-Халк (клон Халка с мозгами Брюса Бэннера. Или клон Брюса Бэннера с телом Халка) и Красная Оса (Петра Ласкова, одна из Освободителей, ранее носила прозвище "Рой"). Собраны они были по одной простой причине: Капитан Америка узнал, что у него есть внебрачный сын и он - террорист мирового масштаба по прозвищу Красный Череп. И дабы публика не узнала, что у символа свободы и справедливости есть незаконорожденный сын-террорист, ну и чтобы сам Стив не узнал историю своего сына, Фьюри отправил на охоту за ушедшим в изгнание Кэпом (и на убийство Черепа) своих самых безжалостных людей. Итог: Черепу, лежащему в госпитале, пускает пулю в лоб Красная Оса, Капитан Америка становится членом Мстителей.
Спустя некоторое время, Локи появляется в Центральном Парке вместе с Аморой и переносит вместе с собой из Асгарда орды троллей и других монстров, с помощью которых планирует захватить власть на Земле. Новые Алтимейтс (Кэрол Дэнверс, Капитан Америка, Валькирия, Железный Человек, Ка-Зар, Шанна, Зарда и Черная Пантера), правительственная команда супергероев, пытаются остановить его, но терпят неудачу в битве с Защитниками (Черный Рыцарь, Адская Кошка, Силач, Ночной Ястреб, Сын Сатаны), командой обычных людей, получивших сверхспособности от Локи. Видя это, Валькирия, винившая себя в смерти Тора, жертвует своей жизнью, дабы вернуть его к жизни. Возрожденный Тор побеждает Локи и отправляет всю его шоболу обратно в Асгард.
А в жизни Человека-Паука все по-старому. Разве что некий Мистерио убивает Кингпина и становится главой преступного мира Нью-Йорка. В дом Пита переезжают жить Бобби Дрейк и Джонни Шторм, что превращает их дом в самую настоящую психушку.
Железный Человек узнает, что кто-то крадет его технологии и продает на черном рынке. Вором оказался профессиональный преступник по прозвищу Призрак. Справившись с ним, Старк отправляется в путешествие по Европе вместе с прекрасной Жюстин, дочерью Джастина Хаммера. Там он расправляется с Брамом Велсингом, человеком, использовавшим его технологии. Побежденный Брам дают Тони наводку во Францию. Там его атакуют киборги и Железный Человек теряет сознание и приходит в себя в таинственном месте. Он видит перед собой своего деда, Говарда Старка-старшего, ставшего киборгом. Оказалось, что старик этот инсценировал свою смерть, когда сам Антонио был очень маленьким и сразу же приступил к работе над т.н. "Проектом Завтрашнего Дня" по созданию полу-людей полу-машин, т.е. киборгов. Он нанял Призрака и Жюстин для похищения таинственного объекта "Remnant 242". Этим самым объектом оказалась… голова Тони Старка из альтернативной реальности. Как потом сказал сам Антонио, технологии Земли-242 отличаются от технологии Земли-1610. Броня этого Железного Человека имеет очень мощную защитную систему, которая остается работоспособной даже после смерти самого Энтони: если к ней кто-либо прикоснется, то электромагнитная волна разрушает любую технологию, находящуюся рядом с ней. Когда Говард открывает коробку, Тони говорит, что он защитил себя от действия этой головы и что он не нуждается в технологии, чтобы жить, в отличие от деда. И когда система защиты брони активируется, Говард Старк и Жюстин Хаммер, которая нуждалась в нанитах для поддержания жизни, погибают.
Норман Озборн вместе со своими подельниками бежит из Трискелиона. Они наведываются к Тинкереру и, вооружившись, идут по следам Человека-Паука. Найдя его, они вступают с ним в бой. На место битвы прибывают Алтимейтс и Веном, вместе они спасают Питера, но банде Озборна удается скрыться в неизвестном направлении. На них открывается охота, а раненого Паука доставляют в Трискелион, где он проходит курс лечения с помощью современных технологии. Вернувшись в нормальное физическое состояние, он завершает курс обучения у команды S.H.I.E.L.D., после чего стал агентом S.H.I.E.L.D. на улицах. Гвен Стэйси и Мэй Паркер в целях безопасности переезжают на виллу Тони Старка во Французской Ривьере.
Но оказалось, что ребятки рано радовались, когда вышли победителями из той битвы с Ричардсом - этот парень все же выжил, и не только выжил, но и остался сумасшедшим - он построил телепортатор в Негативной Зоны из остатков своей лаборатории, переместился на Землю и решил создать, похоже, какую-то секту и назвал ее "Дети Завтрашнего Дня". Кто знает, на что он способен?

Происходит:
В Британии начались беспорядки. Евросоюз отправляет Брайана Брэддока и возобновленный состав Европейской Инициативы под названием "Экскалибур" решить конфликт и - если Капитан Британия посчитает необходимым - применить силу...
Ник Фьюри, теперь уже располагающий достаточным количеством сил и возможностей, начинает воплощать в жизнь свои давние планы по контролю  власти в Соединенных Штатах Америки. Он, вместе с Грегори Старком, параллельно запускает два новых проекта: "Громовержцы" и "Теневая Инициатива". Первый есть ничто иное, как создание группы суперзлодеев, подчиняющихся исключительно Нику. Нужны они ему для того, чтобы разрушать, уничтожать и всячески калечить Америку и для того, чтобы получать люлей от супергероев, тем самым улучшая их репутацию. Но не только: помимо этого, Фьюри использует их для того, чтобы воровать секретное оружие и современные разработки, не задействуя Мстителей. А вот второй проект представляет из себя самые настоящие эксперименты над природой. В рамках проекта "Теневая Инициатива" создаются клоны уже почивших личностей, от талантов которых избавляться не хотелось бы. Всем им "подредактировали" память.
А в это время из Измерения Хаоса возвращается Доктор Стрэндж...

Примечание: события игры "Spider-Man: Shattered Dimension" также считаются каноническими.